Het komt gelukkig niet vaak voor, maar in principe kan een schimmelinfectie in de organen ontstaan. De schimmel dringt dan via de slijmvliezen of huid door in de bloedbaan en kan dan bijvoorbeeld de longen, het hart of de hersenen bereiken. Deze ernstige aandoening heet een invasieve schimmelinfectie, oftewel een gegeneraliseerde schimmelinfectie.